Sejarah Penyebarluasan Agama di NTT Sebelum Indonesia merdeka, Nusa Tenggara Timur telah menjadi wilayah pengembangan Missie Katolik dan Zending Kristen Protestan serta sedikit Islam. Sedangkan agama Hindu hadir sesudah kemerdekaan. Peta dibawah ini menggambarkan persebaran agama Islam pada abad XV – XX serta agama Katolik dan Protestan pada sekitar abad XVI – XX di Nusa Tenggara Timur. Tidak terlepas dari sejarah masuknya agama-agama di Nusa Tenggara Timur, maka pada perkembangan selanjutnya secara spesifik distribusi penyebaran penganut agama di Nusa Tenggara Timur bervariasi di pelbagai pulau, yaitu : Pulau Timor : Kabupaten TTU dan Belu dengan mayoritas Katolik Kabupaten Kupang, Kota Kupang dan Kabupaten TTS dengan mayoritas Kristen/ Protestan Pulau Sumba : Kabupaten Sumba Barat dan Sumba Timur dengan mayoritas Kristen/ Protestan. Pulau Alor : Kabupaten Alor dengan mayoritas Kristen/ Protestan. Pulau Flores : Kabupaten Manggarai, Ngada, Ende, Sikka, Flotim dan Kabupaten Lembata dengan mayoritas Katolik.      Kondisi Kehidupan Beragama di NTT. Gereja Kemah Kesaksian Jemaat Oepura Masjid Mujahidin Penfui Gereja Khatolik St. Yoseph Gereja Protestan Jemaat Kefas Jumlah Tempat Ibadah menurut Golongan Agama per Kabupaten Tahun 2007 Kabupaten Gereja Katholik Gereja Protestan Masjid Pura Wihara Sumba Barat 173 321 16 1 - Sumba Timur 78 1.074 36 2 - Kupang 114 1.639 31 1 - Timor Tengah Selatan 161 865 32 1 - Timor Tengah Utara 194 45 6 1 - Belu 155 63 12 2 - Alor 25 488 39 1 - Lembata 136 8 86 1 - Flores Timur 260 10 117 1 - Sikka 219 12 50 3 - Ende 252 9 150 4 - Ngada 242 17 64 1 - Manggarai 471 12 73 1 - Rote Ndao 13 390 10 1 - Manggarai Barat 104 7 105 1 - Sumba Barat Daya - - - 1 - Sumba Tengah - - - 1 - Nagekeo - - - 1 - Manggarai Timur - - - - - Kota Kupang 38 138 50 6 1 Jumlah 2.635 5.098 931 28 1   Persentase Pemeluk Agama menurut Golongan Agama per Kabupaten Tahun 2007 Kabupaten ISLAM KRISTEN PROTESTAN KRISTEN KHATOLIK HINDU BUDHA Lain - Lain Sumba Barat 2,85 57,01 24,18 0,07 0,00 15,87 Sumba Timur 5,60 69,53 8,10 0,23 0,00 16,52 Kupang 3,51 85,42 7,04 0,05 0.01 3,93 TTS 2,53 81,94 15,39 0,04 0,00 0,08 TTU 1,20 6,57 91,94 0,09 0,04 0,14 Belu 1,28 10,27 88,35 0,08 0,00 0,00 Alor 9,32 87,52 3,06 0,08 0,00 0,00 Lembata 27,24 1,5 71,65 0,04 0,00 0,00 Flores Timur 19,90 0,77 79,26 0,04 0,00 0,00 Sikka 8,85 1,30 89,67 0,16 0,00 0,00 Ende 27,18 1,82 70,83 0,14 0,00 0,00 Ngada 8,43 0,94 90,35 0,08 0,00 0,00 Manggarai 7,69 0,44 91,76 0,07 0,00 0,00 Rote Ndao 4,13 93,97 1,82 0,05 0,00 0,00 Manggarai Barat 19,43 0,91 79,50 0,12 0,01 0,00 Sumba Barat Daya - - - - - - Sumba Tengah - - - - - - Nagekeo - - - - - - Manggarai Timur - - - - - - Kota Kupang 11,47 64,53 22,11 1,86 0,01 0,00 Jumlah 8,51 34,12 54,56 0,20 0,01 2,57 Sumber : Kanwil Departemen Agama Provinsi Nusa Tenggara Timur