Zaman Kebangkitan Nasional (1900-1942)    Pada masa sesudah tahun 1900, kerajaan-kerajaan yang ada di Nusa Tenggara Timur pada umumnya telah berubah status menjadi status menjadi Swapraja. Swapraja-swapraja tersebut, 10 berada di Pulau Timor ( Kupang, Amarasi, Fatuleu, Amfoang, Molo, Amanuban, Amanatun, Mio mafo, Biboki, Insana) satu di pulau Rote, satu di pulau Sabu, 15 di pulau Sumba ( Kanatang, Lewa-Kanbera, Takundung, Melolo, Rendi Mangili, Wei jelu, Masukaren, Laura, Waijewa, Kodi-Laula, Membora, Umbu Ratunggay, Ana Kalang, Wanokaka, Lambaja), sembilan di pulau Flores (Ende, Lio, Larantuka, Adonara, Sikka, Angada, Riung, Nage Keo, Manggarai), tujuh di pulau Alor-Pantar (Alor, Baranusa, Pantar, Matahari Naik, Kolana, Batu lolang, Purema). Swapraja-swapraja tersebut terbagi lagi menjadi bagian-bagian yang wilayahnya lebih kecil. Wilayah-wilayah kecil itu disebut Kafetoran-kafetoran.   Zaman Pemerintahan Hindia Belanda     Wilayah Nusa Tenggara Timur pada waktu itu merupakan wilayah hukum dari keresidenan Timor dan daerah takluknya. Keresidenan Timor dan daerah bagian barat (Timor Indonesia pada waktu itu, Flores, Sumba, Sumbawa serta pulau-pulau kecil sekitarnya seperti Rote, Sabu, Alor, Pantar, Lomblen, Adonara, Solor). Keresidenan Timor dan daerah takluknya berpusat di Kupang, yang memiliki wilayah terdiri dari tiga affdeling (Timor, Flores, Sumba dan Sumbawa), 15 onderafdeeling dan 48 Swapraja. Afdeeling Timor dan pulau-pulau terdiri dari 6 onderafdeeling dengan ibukotanya di Kupang. Afdeeling Flores terdiri dari 5 onder afdeeling dengan ibukotanya di Ende. Yang ketiga adalah Afdeeling Sumbawa dan Sumba dengan ibukota di Raba (Bima). Afdeeling Sumbawa dan Sumba ini tediri dari 4 oder afdeeling. Keresidenan Timor dan daerah takluknya dipimpin oleh seorang residen, sedangkan afdeeling di pimpin oleh seorang asisten residen. Asisten residen ini membawahi Kontrolir atau Controleur dan Geraghebber sebagai pemimpin Onder afdeeling. Asisten residen , kontrolir dan gezaghebber adalah pamong praja Kolonial Belanda. Para kepala onder afdeeling yakni kontrolir dibantu oleh pamong praja bumi putra ber pangkat Bestuurs assistant. (Ch. Kana, 1969,hal . 49-51).   Zaman Pendudukan Jepang (1942-1945)     Pada tanggal 8 Maret 1942 komando angkatan perang Belanda di Indonesia menyerah tanpa syarat kepada Jepang. Dengan demikian secara resmi Jepang menggantikan Belanda sebagai pemegang kekuasaan di Indonesia. Untuk Indonesia bagian timur termasuk wilayah Indonesia. Bagian Timur wilayah NTT berada di bawah kekuasaan angkatan laut Jepang (Kaigun) yang berkedudukan di Makasar. Adapun dalam rangka menjalankan pemerintahan di daerah yang diduduki Kaigun menyusun pemerintahannya. Untuk wilayah Indonesia bagian Timur dikepalai oleh Minseifu yang berkedudukan di Makasar. Di bawah Minseifu adalah Minseibu yang untuk daerah Nusa Tenggara Timur termasuk ke dalam Sjoo Sunda Shu (Sunda Kecil) yang berada di bawah pimpinan Minseifu Cokan Yang berkedudukan di Singaraja. Disamping Minseibu Cokan terdapat dewan perwakilan rakyat yang disebut Syoo Sunda Sukai Yin. Dewan ini juga berpusat di Singaraja. Diantaranya anggota dewan ini yang berasal dari Nusa Tenggara Timur adalah raja Amarasi H.A. Koroh dan I.H. Doko. Untuk pemerintahan di daerah-daerah nampaknya tidak banyak mengalami perubahan, hanya istilah-istilah saja yang diruba. Bekas wilayah afdeeling dirubah menjadi Ken dan di NTT ada tiga Ken yakni Timor Ken, Flores Ken dan Sumba Ken. Ken ini masing-masing dikepalai oleh Ken Kanrikan. Sedangkan tiap Ken terdiri dari beberapa Bunken (sama dengan wilayah onder afdeeling) yang dikepalai dengan Bunken Karikan. Di bawah wilayah Bunken adalah swapraja-swapraja yang dikepalai oleh raja-raja dan pemerintahan swapraja ke bawah sampai ke rakyat tidak mengalami perubahan.   Zaman Kemerdekaan (1945-1975).     Setelah Jepang menyerah, Kepala Pemerintahan Jepang (Ken Kanrikan) di Kupang memutuskan untuk menyerahkan pemerintahan atas Kota Kupang kepada tiga orang yakni Dr.A.Gakeler sebagai walikota, Tom Pello dan I.H.Doko. Namun hal ini tidak berlangsung lama, karena pasukan NICA segera mengambil alih pemerintahan sipil di NTT, dimana susunan pemerintahan dan pejabat-pejabatnya sebagian besar adalah pejabat Belanda sebelum perang dunia II. Dengan demikian NTT menjadi daerah kekuasaan Belanda lagi, sistem pemerintahan sebelum masa perang ditegakkan kembali. Pada tahun 1945 kaum pergerakan secara sembunyi-sembunyi telah mengetahui perjuangan Republik Indonesia melalui radio. Oleh karena itu kaum pegerakan menghidupkan kembali Partai Perserikatan Kebangsaan Timor yang berdiri sejak tahun 1937 dan kemudian berubah menjadi Partai Demokrasi Indonesia (PDI). Perjuangan politik terus berlanjut, sampai pada tahun 1950 dimulai pase baru dengan dihapusnya dewan raja-raja. Pada bulan Mei 1951 Menteri Dalam Negeri NIT mengangkat Y.S. Amalo menjadi Kepala Daeraah Timor dan kepulauannya menggantikan H.A.Koroh yang wafat pada tanggal 30 Maret 1951. Pada waktu itu daerah Nusa Tenggara Timur termasuk dalam wilayah Propinsi Sunda Kecil. Berdasarkan atas keinginan serta hasrat dari rakyat Daerah Nusa Tenggara, dalam bentuk resolusi, mosi, pernyataan dan delegasi-delegasi kepada Pemerintahan Pusat dan Panitia Pembagian Daerah yang dibentuk dengan Keputusan Presiden No.202/ 1956 perihal Nusa Tenggara, pemerintah berpendapat suda tiba saatnya untuk membagi daerah Propinsi Nusa Tenggara termasuk dalam Peraturan Pemerintahan RIS no. 21 tahun 1950, (Lembaran Negara RIS tahun 1950 No.59) menjadi tiga daerah tingkat I dimaksud oleh undang-undang No.I tahun 1957. Akhirnya berdasarkan undang-undang No.64/1958 propinsi Nusa Tenggara di pecah menjadi Daerah Swa tantra Tingkat I Bali, Nusa Tenggara Barat dan Nusa Tenggara Timur. Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur meliputi daerah Flores, Sumba dan Timor. Berdasarkan undang-undang No.69/ 1958 tentang pembentukan daerah-daerah Tingkat II dalam wilayah Daerah Tingkat I Bali, Nusa Tenggara Barat dan Nusa Tenggara Timur, maka daerah Swa tantra Tingkat I Nusa Tenggara Timur dibagi menjadi 12 Daerah Swatantra Tingkat II ( Monografi NTT, 1975, hal. 297). Adapun daerah swatantra tingkat II yang ada tersebut adalah : Sumba Barat, Sumba Timur, Manggarai, Angada, Ende, Sikka, Flores Timur, Alor, Kupang, Timo Tengah Selatan, Timor Tengah Utara dan Belu. Dengan keluarnya Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Daswati I Nusa Tenggara Timur tertanggal 28 Februari 1962 No.Pem.66/1/2 yo tanggal 2 juli 1962 tentang pembentukan kecamatan di Daerah Swatantra Tingkat I Nusa Tenggara Timur, maka secara de facto mulai tanggal 1Juli 1962 swapraja-swapraja dihapuskan (Monografi NTT, Ibid, hal. 306). Sedangkan secara de jure baru mulai tanggal 1 September 1965 dengan berlakunya undang-undang no. 18 tahun 1965 tentang pokok-pokok pemerintahan daerah. Pada saat itu juga sebutan Daerah Swatantra Tingkat I Nusa Tenggara Timur dirubah menjadi Propinsi Nusa Tenggara Timur, sedangkan Daerah Swatantra Tingkat II dirubah menjadi Kabupaten. Berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur di Kupang, tanggal 20 Juli 1963 No.66/1/32 mengenai pembentukan kecamatan , maka Propinsi Nusa Tenggara Timur dengan 12 Daerah Tingkat II dibagi menjadi 90 kecamatan dan 4.555 desa tradisional, yakni desa yang bersifat kesatuan geneologis yang kemudian dirubah menjadi desa gaya baru. Pada tahun 2003 wilayah Propinsi Nusa Tenggara Timur terdiri dari 16 Kabupaten dan Satu Kota . Kabupaten-kabupaten dan Kota tersebut adalah : Sumba Barat, Sumba Timur, Kupang, Timor Tengah Selatan, Timor Tengah Utara , Belu, Alor, Lembata, Flores Timur, Sikka, Ende, Angada, Manggarai, Rote Ndao, Manggarai Barat dan Kota Kupang. Dari 16 Kabupaten dan satu kota tersebut terbagi dalam 197 kecamatan dan 2.585 desa/kelurahan. (Disarikan dari buku " Sejarah Daerah Nusa Tenggara Timur " Proyek Penelitian dan Pencetakan Kebudayaan Daerah 1977/1978).   Patung Sonbai GUBERNUR DAN WAKIL GUBERNUR SEJAK 1958     Gubernur Sejak 1958   A. S. Pello Residen Sunda Kecil Wakil Gubernur Koordinator Pemerintahan Propinsi Nusa Tenggara Atas nama Menteri Dalam Negeri Meresmikan Propinsi Nusa Tenggara Timur pada tanggal 20 Desember 1958 W. J. Lalamentik Masa Bhakti : 1958 – 1968 Kebijakan yang dilaksanakan : Pembentukan Wilayah Kecamatan Gerakan Penghijauan yang dinamakan Komando Operasi Gerakan Makmur pada tanggal 20 Desember 1958     El Tari Masa Bhakti : 1968 - 1978 Kebijakan yang dilaksanakan : Pembentukan Desa Gaya Baru dari Kerajaan-kerajaan Tradisional. Mengerahkan tenaga motivator pembangunan Desa. Motto : Tanam, Tanam, sekali lagi Tanam; Kalau bukan sekarang kapan lagi   Wang Suwandi, SH Masa Bhakti Pejabat : April 1978 - 16 Juni 1978 Mempersiapkan pemilihan Gubernur periode berikutnya.     Dr. Ben Mboi Masa Bhakti : 1978 – 1988 Kebijakan yang dilaksanakan : Operasi Nusa Makmur (ONM) Operasi Nusa Hijau (ONH) Operasi Nusa Sehat (ONS) Operasi Benah Desa Dr. H. Fernandez Masa Bhakti : 1988 – 1993 Kebijakan yang dilaksanakan : Gerakkan Meningkatkan Pendapatan Asli Daerah (GEMPAR) Gerakan Membangun Desa (GERBADES)       Mayjen (Pur) Herman Musakabe Masa Bhakti : 1993 – 1998 Kebijakan yang dilaksanakan : TUJUH PROGRAM STRATEGIS Pengembangan Sumber Daya Manusia Penanggulangan Kemiskinan Pembangunan Ekonomi Pengembangan dan Pemanfaatan IPTEK Penataan Ruang Pengembangan Sistem Perhubungan Pengembangan Kepariwisataan   Piet Alexander Tallo, SH Masa Bhakti : 1999 – 2003  ,2003 - 2008 Kebijakan yang dilaksanakan : PROGRAM TIGA BATU TUNGKU -Ekonomi Rakyat -Pendidikan Rakyat -Kesehatan Rakyat Motto : “Mulailah membangun dari apa yang dimiliki rakyat dan apa yang ada pada rakyat”   FRANS S. LEBU RAYA Masa Bhakti : 2008-2013 Kebijakan yang dilaksanakan : ANGGUR MERAH Motto : “Sehati se suara membangun NTT baru”   Wakil Gubernur Semenjak 1986   G. BOEKY, SH 1986 - 1991 S. H. M. LERICK 1991 - 1996 PIET.ALEXANDER TALLO,SH 1996 - 1998 DRS. JOHANES PAKE PANI 1999 - 2003   DRS. FRANS LEBU RAYA 2003 - 2008 Ir. ESTHON FOENAY., MSi 2008 - 2013     Sektertaris Daerah NTT Sejak 1958   C. M. K. AMALO 958 – 1966 DRS. UMBU TONGA 1966 – 1971 SOEJONO HARTOJO, SH 1971 – 1978 DRS. S. DAUD 1978 – 1985 SOEJONO HARTOJO, SH 1985 – 1989 DRS. SOEWIGNJO 1989 – 1995 IR. SABINUS KANTUS 1995 – 1999 DRS. TH. M. HERMANUS 1999 – 2007 Dr. Ir. Jamin Habid. MM 2007 – 2009