Dalam pelaksanaan program dan kegiatan pada Dinas Peternakan Provinsi Nusa
Tenggara Timur selama tahun anggaran 2006, masalah dan kendala yang
ditemukan yaitu :
a. Bidang Produksi.
Produksi (populasi dan produktifitas) ternak di Nusa Tenggara Timur belum
optimal antara lain karena makin terbatasnya lahan peternakan (padang
rumput) dan sumber air minum, sementara pola pemeliharaan dominan non
intensif, permintaan/pengeluaran melampaui ketersediaan, pemotongan ternak
betina produktif masih cukup tinggi, pencurian dan penyakit hewan strategis.
Untuk itu Pemerintah, petani peternak dan pengusaha sebagai mitra yang
bertanggung jawab dalam pengembangan bidang peternakan di NTT, perlu
bekerjasama lintas sektor dan lintas wilayah untuk meningkatkan pengawasan
dan pengendalian secara obyektif dan serius untuk meningkatkan produksi
ternak demi kesejahteraan masyarakat NTT.
Padang penggembalaan sebagai lahan peternakan makin sempit karena berbagai
kebutuhan pembangunan, selain karena ekspansi gulma; sebab itu perlu
pengukuhan status lahan peternakan oleh Pemerintah Kabupaten dan upaya
perbaikan, selain pemanfaatan kelebihan produksi pada musim hujan. Untuk itu
diharapkan agar Pemerintah Kabupaten dapat menetapkan dan mengukuhkan padang
penggembalaan sebagai lahan peternakan untuk menunjang pengembangan ternak
ruminansia besar, minimal untuk pembibitan. Selain itu dengan berbagai
sumber dana diusahakan mengembangkan sumber air minum untuk ternak di
lahan-lahan peternakan berupa embung ataupun jaringan air. Kegiatan ini
diutamakan pada kawasan sentra produksi komoditas unggulan.
b. Bidang Kesehatan Hewan.
Salah satu faktor penting dalam peningkatan produksi ternak adalah
terpeliharanya kondisi / status kesehatan ternak, sehingga dapat berproduksi
secara optimal. Kesehatan ternak selama ini merupakan salah satu masalah
yang menonjol berkaitan dengan pola pemeliharaan ternak dalam pembangunan
peternakan di Nusa Tenggara Timur. Beberapa penyakit menular utama di NTT
adalah Septichaemia Epizootica (SE), Anthrax, Brucellosis dan New castle
Disease (ND) serta akhir-akhir ini muncul Rabies dan Hog Cholera dengan
prevalensi yang tinggi, yang memerlukan penanganan intensif dan
berkesinambungan dari semua pihak baik pemerintah (pusat, Provinsi dan
kabupaten/kota) maupun masyarakat.
Upaya mempersempit penyebaran penyakit Brucellosis di pulau Timor, maka
larangan lalulintas ternak sapi dari Kabupaten TTU dan Belu yang
prevalensinya tinggi melalui Kabupaten TTS perlu ditaati oleh semua pihak
sesuai Keputusan Gubernur Nomor 13 tahun 1993. Untuk itu harus ada komitmen
Pemerintah Daerah Kabupaten/Kota di daratan Timor dalam bentuk Surat
Keputusan tentang Pemberantasan Penyakit Brucellosis di Pulau Timor sebagai
tindak lanjut Surat Keputusan Gubernur NTT. Selain itu harus ada Surat
Keputusan dari Pemerintah Kabupaten/Kota tentang status wilayah Kecamatan
Bebas, Terancam dan Tertular penyakit brucellosis sesuai hasil surveilens di
masing-masing Kabupaten/Kota setiap tahun sehingga pengawasan mutasi ternak
dapat dilaksanakan secara optimal. Distribusi sapi bibit antar Kab./Kota se
Provinsi NTT agar wajib dilakukan test Brucellosis.
Sehubungan dengan Otonomi Daerah, maka dalam rangka penanggulangan penyakit
menular strategis di NTT, Kabupaten/Kota yang ingin melakukan kerjasama
teknis/operasional dengan Provinsi agar membuat perjanjian kerjasama antar
Dinas Peternakan Kabupaten/Kota atau Dinas yang menangani Fungsi-fungsi
Peternakan yang diketahui oleh Pimpinan Daerah, terutama dalam kegiatan
penanggulangan penyakit menular strategis.
c. Bidang SDM dan Kelembagaan.
Terbatasnya aparatur teknis yang bertugas di lapangan, sehingga perlu
direncanakan lewat dana APBD I dan APBD II untuk terus dilatih Pembantu
Petugas Peternakan Mandiri (P3M) bagi petani terpilih di desa untuk membantu
melakukan pelayanan di desanya dengan insentif dari masyarakat sendiri.
Diharapkan lebih banyak kader peternak yang dapat menolong peternak
dilingkungan mereka sendiri. Pemberdayaan masyarakat untuk membantu melayani
sesamanya di lapangan lewat kelompok-kelompok Bantuan Langsung Masyarakat
(BLM) yang dilatih dan diberikan sarana dan biaya untuk operasional
penanggulangan penyakit hewan menular sekaligus memberdayakan masyarakat
lewat penciptaan lapangan kerja di desa.
Kekurangan sarana pemasaran ternak dan produk ternak, misalnya pasar hewan,
rumah potong hewan dan kelengkapannya menyebabkan kesulitan dalam pengawasan
mutu produk, sehingga Pemerintah Kabupaten/Kota perlu memfasilitasi sarana
dan prasarana pemasaran tersebut untuk kepentingan masing-masing daerah
Kaupaten/Kota.